在多次与外星文明争夺史前能量的战争后，史前能量不可避免的发生了大面积的扩散……
　　在强大能量的影响下，地球逐渐呈现荒漠化倾向，部分地球上的生物产生了变异。一些智能获得提升的变异物种大量聚集，创建了坚固的异形堡垒，并依托这些堡垒向原来地球的统治者——人类发起了进攻……
　　在变异初起的时候是最佳消灭变异生物的时机。但是，人类却由于几次大战的影响，各地陷入无政府的崩坏状况而自顾不暇。直到变异生物以人类所料不及的高智商对人类发动了大规模突袭，人们才如梦初醒……人类已经到了种族生死存亡的关键时刻！
　　当人类准备反击的时候才尴尬的发现——战争已经使我们的科技水平倒退百年。变异生物的尖牙利爪，以及层出不穷、希奇古怪的攻击方式，让脆弱的人类难以抵挡。幸存的人类不得不退缩到一个个城市中，并修筑高耸的城墙以抵御变异生物的攻击……
　　直到J·爱因斯坦博士通过对太空堡垒残骸的研究重新获得反重力技术，人类终于迎来了反攻的机会！
　　人类使用反重力引擎建造了巨大的飞船作为对抗变异生物的堡垒。虽然由于材质限制，飞船不能进入宇宙空间，但是坚固的空中堡垒仍然使人类在对抗异形生物的战斗中首度可以展开有效的攻势。
　　这，是一个英雄的年代……
现在，你，就是幸存人类的希望！驾驶初号太空堡垒开始你的英雄之旅吧！